貴司是注冊在上海的公司，如果在南京市只是辦事處，沒有注冊分公司或子公司的話，員工的勞動關系可以簽訂在上海，購買上海的五險一金。
但是員工買上海的五險一金，他們享受的相應福利大多只能在上海享受，比如說醫療保險，雖說上海醫療保險也可以支持常駐外地（員工勞動合同在上海，實際工作地不在上海，就是可以說是常駐外地）人員報銷，但是手續比較繁瑣，而且員工報銷不像直接在上海，就能現場報銷，外地是要墊付，再拿回來報銷。對公司而已，上海的社保費用是全國繳納最高的城市。
可推薦貴司做勞務派遣形式用工，建員工的勞動合同轉移到勞務派遣單位，實際用人單位還是貴公司自己的。這樣，員工的勞動合同不在自己單位，而且員工的五險一金購買地也實現在南京。規范用工，這樣操作是目前中國針對分支機構人員的勞動關系處理最規范的做法。
