1、繳費比例不同：一檔：深圳職工參加基本醫療保險一檔的，以本人月工資總額8%的標準按月繳費，其中用人單位繳交6%，個人繳交2%。二檔：深圳職工參加基本醫療保險二檔的，以本市上年度在崗職工月平均工資的0.7%按月繳費，其中用人單位繳交0.5%，個人繳交0.2%。2、醫療保險費分配不同：一檔：參保人按8%繳交基本醫療保險費的，按繳費基數的5%按月計入個人賬戶；其中年滿45周歲的，按繳費基數的5.6%按月記入個人賬戶；基本醫療保險一檔繳費的其余部分進入大病統籌基金，用于支付本辦法規定的醫療費用。二檔：市社會保險機構征收的基本醫療保險二檔和三檔的醫療保險費，應當按本市上年度在崗職工月平均工資的0.2%計入社區門診統籌基金，1元計入調劑金，其余部分計入大病統籌基金。3、就醫診范圍不同：一檔：基本醫療保險一檔參保人在市內定點醫療機構就醫。二檔：基本醫療保險二檔參保人門診在選定社康中心就醫，經結算醫院同意，可以在與選定社康中心同屬于一家結算醫院下設的其他定點社康中心門診就醫；住院及門診大病在市內定點醫療機構就醫。
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