1、繳費標準不同：一檔：以本人月工資總額8%的標準按月繳費，其中用人單位繳交6.2%，個人繳交2%。二檔：醫保二檔繳費基數為深圳市上年度在崗職工月平均工資，繳費比例為0.8%，其中單位繳納0.6%，個人繳納0.2%。三檔：醫保三檔繳費基數為深圳市上年度在崗職工月平均工資，目前為8348元，繳費比例為0.55%，其中單位繳納0.45%，個人繳納0.1%。
2、門診待遇不同：一檔：社康中心的基本醫療費用，70%由個人賬戶支付，30%由統籌基金按規定支付。二檔/三檔：屬于甲類藥品和乙類藥品的，分別由社區門診統籌基金按80%和60%的比例支付；屬于醫保目錄的單項診療或醫用材料的，由社區門診統籌基金支付90%，最高支付金額不超過120元；社區門診統籌基金支付年度總額不超過1000元。
3、住院待遇不同：一檔：住院發生的基本醫療費用和地方補充醫療費用起付線以上部分按規定支付95%或90%。二檔/三檔：可到綁定的社康中心結算醫院住院，或經結算醫院轉診到規定醫院住院，所發生的基本醫療費用和地方補充醫療費用，報銷比例為：一級醫院：85%；二級醫院：80%；三級醫院：75%。
